Gimnazijos biblioteka, kaip ir pati gimnazija, pradėjo veikti 1995 m. Pirmiausia įsikūrė antrame mokyklos aukšte (dabar - informatikos kabinetas), vėliau – 1997 m., persikėlė į šalia gimnazijos esantį pastatą. 2011 m. biblioteka vėl perkelta į gimnazijos pagrindinį pastatą. Beveik visos bibliotekos knygos buvo suaukotos. Knygas aukojo jėzuitai – Kazimieras Ambrasas SJ, Antanas Saulaitis SJ, Lionginas Virbalas SJ. Dalis knygų yra atrinktos iš jėzuitų bibliotekos, didžiuliai siuntiniai atkeliavo iš Amerikos, o kun. Antano Saulaičio SJ dėka iš ten vis dar gauname labai vertingų knygų. Ypač daug prie bibliotekos kūrimosi prisidėjo Vaclovas Valys, išeivis, amerikos lietuvis, geras kun. Gedimino Kijausko SJ bičiulis. 1994 m. po šv. Kalėdų Vaclovas Valys susitiko Clevelande su Lietuvos jėzuitų provincijolu kun. Jonu Boruta SJ ir kun. Antanu Gražuliu SJ. Jis įteikė jiems savo auką iš griuvėsių kylančiai Vilniaus jėzuitų gimnazijai paremti. Praėjus vos trims savaitėms po šio susitikimo Vaclovas Valys mirė. Likusi jo sesuo Jadvyga 1995 m. balandžio mėn. persiuntė dalį Vaclovo Valio palikimo – knygas, įprasmindama tą dovaną kaip paminklą savo broliui Vaclovui.

Šiandien bibliotekos fondus sudaro jėzuitų, mokinių, tėvų bei kitų geradarių dovanotos knygos. Bibliotekoje sukaupta turtinga meno albumų ir knygų kolekcija, kurią padovanojo Vilniaus dailės akademija ir privatūs asmenys. Palyginus su kitų gimnazijų bibliotekomis, mūsų biblioteka išskirtinai turtinga, nes buvo komplektuojama iš netradicinių šaltinių. Nuo 2008 m. bibliotekoje veikia iMOBIS (mokyklų bibliotekų informacinė sistema). Skaitytojai gali susirasti reikalingą knygą elektroniniame kataloge bei ją užsisakyti. 

Leidinių gausa ir auganti bendruomenė paskatino iš naujo įvertinti modernios bibliotekos poreikį. Šiandien Vilniaus jėzuitų gimnazijoje mokosi beveik 800 mokinių, dirba virš 100 darbuotojų. Atsižvelgiant į mokyklos poreikius, 2016 m. rytiniame Vilniaus jėzuitų vienuolyno pastatų ansamblio kieme pradėjo kilti naujasis bibliotekos pastatas, kurio architektūriniai sprendiniai šiuolaikiškai atkartoja čia stovėjusio ūkinio pastato (dviaukštės vežiminės) siluetą.

2020 m. užbaigus įrengimo darbus naujoji gimnazijos biblioteka drąsiai peržengė tipinės mokyklos bibliotekos ribas. Pirmame pastato aukšte – pagrindinė bibliotekos/skaityklos erdvė (lengvai pritaikoma konferencijoms, susibūrimams), jaukios grupinio ir individualaus darbo erdvės; antrame aukšte – tyliosios erdvės individualiam bibliotekos lankytojų darbui, kūrybinė poilsio erdvė. Pastato žemutiniame aukšte įrengtos garso įrašų studija, video/foto studija, nedidelė kino salytė, fondų saugyklos, grupinio darbo erdvės, mokinių darbų galerija.

2020 m. pavasarį daugiafunkciam bibliotekos kompleksui suteiktas naujas pavadinimas – Lojoteka. Edukacinis medijų centras. Pavadinimo turinys koduoja centro misiją ir jėzuitišką kilmę.

2021 m. rudenį Lojoteka atsivėrė visuomenei ir toliau aktyviai dirba, kad naujasis edukacinis medijų centras taptų kviečiančia ir atvira švietimo ir kultūros erdve miesto žemėlapyje. Šiuo metu centras svečius aptarnauja darbo dienų vakaro valandomis ir šeštadieniais. Daugiau informacijos Kontaktai. Darbo laikas.